新型农村合作医疗缓解了农民因病致贫的状况，得到广大农民的拥护，但在实施过程中仍然存在很多问题。以江苏为例，由于地区经济发展的不平衡和长久以来的制度缺陷，使得江苏的新型农村合作医疗制度有着明显的地区差异，其原因主要是经济发展的“多元”性、政府对农村公共卫生投入不足、农村医疗机构服务水平低、费用报销方式不统一以及筹资机制不健全。因此，要加快落后地区的经济发展，加大财政投入力度，加速农村卫生人才的培养，深化政策宣传，简化报销程序，探索科学的筹资途径。