高等院校国库集中支付制度的特殊性主要表现在预算外资金管理的特殊性、预算编制主体的多样性、资金使用时间的阶段性、资金支付对象的关联性。高等院校实行国库集中支付制度后存在的问题主要有：信息传输滞后，尚未形成财政、高校等多部门的电子信息系统对接；现金提取手续复杂，现金使用不够规范；高校预算编制不够完善，还不能适应国库集中支付制度的要求；与高等院校现行的财务会计制度不相符。完善高等院校国库集中支付制度的措施主要有：提高财务人员整体业务水平；完善财务管理配套法律法规；强化预算编制改革，坚持预算编制和执行的刚性原则；加强高等院校财务管理；设置专门的岗位，负责国库集中支付工作；健全国库集中支付资金信息管理系统。