由系统论结构决定功能原理可知，会计信息系统的理论结构决定了会计信息系统的功能极限，从而决定了会计信息质量特征。借鉴科学研究纲领方法论，会计信息系统理论结构分为两类，即基础理论和应用理论。基础理论包括硬核层和保护带层，应用理论包括商务智能层、流程管理层和项目实施层。这些理论层层嵌套、各司其职，构筑了会计信息系统的运行程序和约束规则。会计信息系统的系统结构、系统秩序、系统牵制共同决定了会计信息系统的功能。