中小商业银行内部控制机制与经营目标之间存在矛盾，由此产生的经营风险隐患不容忽视，学术界对此尚无充分研究。以激励机制为视角，在内部控制与经营目标协调性二维空间理论假说基础上，对内控机制与经营目标协调性的互动机理进行分析，并运用10家中小商业银行2009年至2010年公开数据进行实证检验，研究结果显示：多数中小商业银行内部控制与经营目标的协调性不高，其根本原因在于现有激励机制下经营理念出现偏差，即风险管理和内控合规让位于经营发展。解决这一问题的途径包括科学把握内部控制与经营目标的协调关系、培育健康的内控文化、健全内控评价机制、建立全面风险管理框架下的激励机制。