目前我军后勤体制正在逐步向联勤体制过渡，军队审计也必须适时做出调整。本通过分析军审计的极利特征，提出军队审计作为军费运行的外部监督主体，其机构设置必须支持独立性和权威性；并结合当前联勤体制的改革要求，提出军队审计的改革方向是根据保障任务的性质划分为通用审计和专用审计。最后，结合上述两点要求，对联勤体制下军队审计部门的机构设置以及各级机构的职能权限进行了初步探讨。