基于经典委托代理模型的分析可知:在重大自然灾害发生后,审计目标应服从于广大人民群众的需求.在灾害发生初期,政府审计应强调对权力的监督与制约,以确保救灾物资、资金及时送到受灾群众手中;在灾后重建过程中,应逐步增加效益审计;审计方法应当随着审计目标的变化进行相应调整.审计部门应加强与其他各部门合作,利用信息技术,充分收集信息,以避免审计失败.作为国家经济社会运行的"免疫系统"的政府审计部门,应承担起预防大灾之后经济系统发生"次生灾害"的职责.