交易费用是新制度经济学的核心范畴，但交易费用能否计量以及如何计量存在许多争议。交易费用的计量问题使得交易费用只能是一种分析工具，而难以成为一种内生变量，从而限制了新制度经济学的深入发展。对于企业实际发生的交易费用，既可以利用企业的会计核算资料和成本会计系统间接计量，又可以通过改进企业日常的会计处理直接计量。交易费用对公司绩效影响的实证研究结果表明，经营性交易费用对公司绩效具有显著的负面影响，分配性交易费用与公司绩效显著正相关。