构建一套公共工程绩效审计评价指标体系直接关系到政府投资公共工程绩效审计的监管效率与审计质量的提高。在对公共工程绩效审计评价理论进行分析并借鉴国内外相关研究成果的基础上，15个由多维度层级结构组成的公共工程绩效审计评价初始变量指标得以提出。通过预测试与先导性测试，筛选出绩效审计评价指标，最终指标变量被确立。评价模型建立在对数据验证性与探索性因子分析的基础上。实证结果表明，所设计的评价指标具有良好信度和效度，评价模型具有较好拟合优度。