国家金融审计因其定位和项目组织的科学性，在发现重大违法违规线索、揭示金融风险、维护金融经济安全方面发挥着重要作用。同时，国家金融审计又面临着目标多元化与激励方式单一、事后审计为主的审计模式与“免疫系统”功能要求等多方面的矛盾。为化解这些矛盾，国家金融审计需要构建金融审计与金融监管的协作框架、改革完善激励机制、将金融风险管理技术引入金融审计、提高金融数据分析能力及审计信息的利用效率等。