青年自组织作为在大学生中自发形成的组织形式，是目前高校中不可忽视的一种力量，其兴起和发展，不仅有外在的社会环境因素，也有内在的心理因素。南京市高校青年自组织蓬勃发展，已成为高校第二课堂的重要组成部分，对满足大学生思想的多元化、需求的多样性具有积极的促进作用，与此同时，它也带来了一定的负面影响，给高校学生管理工作提出了新的课题。如何引导其健康有序发展，发挥其积极作用，高校需要从加强研究与分类指导、健全服务体系、拓展工作领域和引导核心人物等四个方面入手。